1994年7月20日,税务机构分设,正式组建玉溪地区国家税务局。全区共设玉溪地区及玉溪市、通海县、江川县、华宁县、澄江县、易门县、峨山县、新平县、元江县十个国家税务局,按传统的经济区划设立57个税务分局、税务所。
江川县国家税务局、澄江县国家税务局、华宁县国家税务局、易门县国家税务局、峨山县国家税务局、新平县国家税务局、元江县国家税务局。市局有内设机构9个,即办公室、政策法规处、流转税管理处、所得税管理处、进出口税收管理处(含国际税务管理职责)、征收管理处、计划统计处(含财务管理职责)、人事教育处、监察室;直属机构:2个,即稽查局、玉溪经济技术开发区国家税务局(非全职能局);事业单位:3个,即信息中心、机关服务中心、培训中心。同时,设离退休干部办公室、机关党委办公室。