西藏自治区国家税务局，设有办公室、人事处、老干部管理办公室(挂靠人事处)、税政法规处、征收管理处、财务管理处、进出口税收管理处、巡视工作办公室、监察室、机关党委办公室共10个处室。

历史沿革1960年10月建立西藏自治区筹备委员会财政处税务局;1964年10月改为西藏自治区筹备委员会财粮处税务局;1965年自治区人民政府成立，税务局为自治区财粮厅下属职能机构;1969年9月自治区成立革命委员会，税收工作由革委会下属财贸组统管;1970年8月自治区革命委员会成立财政金融局，下设税务组。1973年10月，恢复设立自治区税务局，隶属自治区革委会财政金融局;1978年2月，成立自治区革委会财政局，自治区税务局隶属财政局;1982年7月，自治区税务局升格为副厅级，隶属自治区财政厅;1986年9月，自治区税务局降格为正县级，隶属自治区财政厅;1992年1月，自治区税务局升格为副厅级，隶属自治区财政厅;1994年，全国进行财税体制改革，根据自治区党委、政府和国家税务总局《关于西藏自治区国家税务局组建实施方案的批复》，同意在西藏自治区只设国家税务局，不设地方税务局，并实行垂直领导;1994年9月西藏自治区国家税务局正式挂牌成立，为正厅级建制。

设立2个直属机构，级别为正处级。1、稽查局:负责组织、指导、协调和监督本系统的税收检查工作;负责对年度计划确定的重点税源企业和税务违法案件的查处、审理和执行工作;组织贯彻税务稽查规章制度，拟定具体实施办法;负责税收案件举报的受理、转办;对下级税收检查情况进行复查、复审;负责与公安、检察、审判机关协调税务稽查中的司法工作;负责金税工程发票协查工作;负责牵头组织税收专项检查工作。2、直属税务分局:负责中央驻西藏及自治区级的企业、事业单位、社会团体的各项税收管理工作;负责中央驻西藏及自治区级的企业、事业单位、社会团体与区内外企业共同组建的联营企业、股份制企业的各项税收管理工作;负责西藏自治区驻区外企业的企业所得税征收管理工作;负责上市股份公司的各项税收管理工作;负责在西藏设立的外商投资企业、外国企业和外籍人员的各项税收管理工作;负责西藏自治区国家税务局指定管辖企业的各项税收管理工作。