1994年7月，按照国家进行财政税收体制改革的总体部署，新疆维吾尔自治区国家税务局正式成立，为正厅级全职能局，是新疆维吾尔自治区主管国家税收工作的职能部门。主要职责贯彻执行国家的税收法律、法规和规章，并结合本区实际，研究制定具体的实施办法；根据自治区经济发展规划。研究制定本系统税收发展规划和年度工作计划并组织实施；根据经济税源和国家税务总局下达的税收计划，编制、分配和下达本系统税收收入计划并组织实施；负责中央税、中央地方共享税等的征收管理和稽查工作，负责增值税专用发票、普通发票和其他税收票证的管理工作；负责监督检查本系统税收执法情况，负责税收行政处罚听证、行政复议和诉讼工作；负责全区进出口税收和涉外税收的管理工作；负责全系统的税收会计、统计工作；负责本系统财务经费、基本建设和资产管理工作，负责审计和政府采购工作；负责本系统机构、编制和人事管理工作；负责本系统思想政治工作、精神文明建设和基层建设，做好教育培训管理工作；负责本系统纪检、监察工作；负责本系统税收信息化、现代化工作的规划和实施，建设和管理信息系统；研究税收理论和税收政策，分析税收信息，掌握税收动态，组织税法宣传；承办国家税务总局和自治区党委、政府交办的其他工作。 行政处（室）新疆维吾尔自治区国家税务局内设12个行政处室，级别为正处级；另设机关党委办公室（级别为正处级）、离退休干部管理办公室（副处级，挂靠人事处）。办公室制定局机关和系统的年度工作计划及长远发展规划，处理局机关日常政务，起草和审核有关文件和报告；负责会议组织、秘书事务、文电处理、文书档案、文印、信访、保密、调研、政务信息和外事工作；负责税收宣传工作；制定办公规章制度；管理机关财务等行政事务；指导办公自动化工作；办理人大代表建议和政协委员提案；协助局领导对有关工作进行综合协调。政策法规处进行税政调查研究；研究税制改革和完善税收管理体制的有关问题；拟定税收综合业务的规章制度；负责税收业务的协调和法律事务；对税收法律、法规的执行情况进行监督检查；承担税收法规文件的清理、鉴定及汇编工作；承办重大税收案件的审理和行政处罚、听证工作；办理税务行政诉讼和行政复议等事项。流转税管理处负责增值税、消费税、营业税等税种的征收管理和税政业务；贯彻执行流转税法规、规章并对执行情况进行监督检查；拟定有关流转税征收管理的具体实施办法；管理增值税专用发票；负责推广和管理增值税防伪税控；负责增值税、消费税、营业税等税种的日常稽核和检查工作。所得税管理处负责企业所得税和储蓄存款利息所得税等税种的征收管理和税政业务；对分管税种的具体问题进行解释和处理；负责拟定所得税征收管理的具体实施办法；负责组织企业所得税的日常检查；负责城市商业银行、城乡信用社的财务制度管理工作。征收管理处组织实施综合性税收征管法律、法规和规章制度，研究制定有关税收征管制度和办法；指导税务登记、征管质量考核、纳税申报和税收资料的管理；管理普通发票；指导个体工商户和集贸市场税收征管；负责组织征管软件和除涉及增值税征管以外的税控器具的开发、推广和应用工作。财务管理处负责本系统经费、财务、基本建设、装备和资产的管理工作；制定各项管理制度；组织内部审计和政府采购工作。计划统计处编制、分配税收计划，组织并检查税款入库工作；制定税收计划和统计工作制度；对税收数据进行统计和分析；负责税源资料的调查和测算，监控管理重点税源；进行税收能力估算和税收宏观分析；负责税收票证的印制和管理。进出口税收管理处负责进出口税收政策及管理办法的贯彻落实、日常监督检查工作；负责出口货物退免税的审核审批、年终清算；负责出口货物退免税信息化管理系统的推广应用和维护工作；配合有关部门组织实施反骗税检查。国际税务管理处负责国际税收协定执行、反避税、涉外税务审计、情报交换、我国及外国居民跨国收益税收监管等国际税务事项管理；负责涉外企业所得税税收政策管理并对执行情况和日常管理情况进行监督检查；处理国际税务事项。人事处研究和执行人事管理制度；负责机构、编制、任免、调配、劳动工资、专业技术职务等人事管理工作；负责下一级领导班子和领导干部的监督检查工作，按照管理权限负责领导干部的离任审计及出国政审工作。下设离退休干部管理办公室(副处级，挂靠人事处)。负责机关离退休干部的管理和服务工作，指导本系统离退休干部的管理和服务工作。教育处负责思想政治工作、精神文明建设和基层建设；负责教育培训管理工作；负责本系统的工会、青年、妇女工作；负责税务培训机构和教育经费的管理工作。监察室负责本系统各级国税机关及工作人员贯彻执行党和国家的路线方针及税收法律、法规情况的监督检查；负责本系统党的纪律检查、行政监察和廉政建设工作；负责执法监察和纠风工作；负责本级管理的干部信访举报、违法违纪案件和系统内重大案件查处工作。机关党委办公室。负责局机关和直属单位的党务、工会、青年、妇女工作；负责局机关的思想政治工作和党群