南京南站是南京地铁1号线(运营)、南京地铁3号线(运营)、南京地铁S1号线(运营)和南京地铁S3号线(在建)的换乘车站，有4座站台，分为两组，两组站台之间有换乘通道相连;1号线和3号线站台为同台换乘的双岛式站台，位于高铁站南京南站地下;S1号线和S3号线站台为的一岛两侧式站台，位于高铁站南京南站北广场地下，共设12个出入口。南京南站地铁1号线的站厅的“爱墙”墙面上雕刻了四千多条征集而来的“爱的箴言”并组成了六个图案，分别是两手相握，两手相牵，两手组成爱心状，六块凹凸不平的大理石上还有六个艺术字体，从左到右分别是：仁爱、博爱、兼爱。此外，整个站厅层共悬挂了22块内容各异的圆形紫铜浮雕，内容包括“金陵十二景”等。车站结构编辑1号线和3号线车站为地下两层双岛车站，总建筑面积52966m²，地下一层为站厅层，地下二层为站台层，南京地铁1号线和南京地铁3号线在地下二层同台换乘。

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