宁波火车站为2号线和4号线换乘车站，其中2号线为南北走向，车站站位垂直于国铁站场布置，位于国铁南北联系通廊地下。4号线为东西走向，在北广场地下，与2号线十字交叉，交叉处地下一层设换乘大厅，方便地铁与国铁换乘，交叉处地下二层设与2号线换乘通道，方便2、4号线之间换乘。历史文化悠久的月湖位于其北侧。车站为地下二层宽岛式站台车站，是全线唯一一个站厅与站台共享中庭空间的车站。车站设自动售检票机16台，闸机27台，客服中心2个。运营初期开放A、B、C三个地面出入口。A出入口位于车站东北角，结合站房设于北广场;B出入口位于车站东南角，结合站房设于南广场，靠近荣安世家小区;C出入口位于车站西南角，结合站房设于南广场，靠近长途汽车南站、公交宁波火车站。在火车站到达层设置两个换乘口，分别位于火车站到达层南、北两端。