4号线和5号线的车站为高架站，呈南北向，月台位于地上5层，而站厅位于地上4层。高架车站与高铁站房一体化设计，车站被包裹在站房立面之中，在广场上即可看到由站房之中穿行的地铁列车。车站设有两个岛式月台，即两对路轨间各设有月台，分别供4号线和5号线使用。其中6号线的月台为预留结构，目前被封住而不能进入，预计于2017年随着6号线的通车而投入使用。

4号线和5号线的车站为高架站，呈南北向，月台位于地上5层，而站厅位于地上4层。高架车站与高铁站房一体化设计，车站被包裹在站房立面之中，在广场上即可看到由站房之中穿行的地铁列车。车站设有两个岛式月台，即两对路轨间各设有月台，分别供4号线和5号线使用。其中6号线的月台为预留结构，目前被封住而不能进入，预计于2017年随着6号线的通车而投入使用。配套设施编辑巴士站巴士站位于东广场，建筑面积3.4万平方米，可停车74辆。一层和二层为巴士上客区，而三层为落客区。目前开通有巴士线路20余条，包括两条跨市巴士线路，主要覆盖地铁不能到达的原关外地区。北站巴士线路枢纽一层M352：新百丽总站-深圳北站(原622路)M353：龙华汽车站总站-深圳北站(原614路)M354：观澜长途客运站-深圳北站(原658路)M365：深圳北站-深圳北站(逆时针循环线)B647：岗头村总站-深圳北站B666：深圳北站-华电B667：深圳北站-华电B730：富士康西二门-深圳北站B742：深圳北站-金色半山深惠3B线：深圳北站-惠阳白石路口枢纽二层M299：深圳北站-深圳湾口岸M300：深圳北站-平湖汽车站M341：深圳北站-大王山总站M343：华佳工业园-深圳北站M344：深圳北站-华强北地铁接驳站(原高峰5线)M347：月亮湾总站-深圳北站(原76路)M360：深圳北站-文锦渡客运站(原378路)E11：深圳北站-南澳总站E22：深圳北站-大工业区深莞2线：深圳北站-凤岗汽车客运站枢纽三层巴士落客区(仅限二层线路)