南京站是南京地铁1号线和南京地铁3号线的换乘车站，位于南京火车站站房地下。南京站1号线车站为地下二层岛式站台，车站设在地下一层，地下二层为站台层，设有5个出入口，分别通向和燕路、南京站及龙蟠路。南京站3号线车站为地下四层平行双岛式站台，未来将与南京地铁9号线同台换乘，深达近40米，相当于9层楼，是江苏最深、中国第三深的车站。

建筑结构编辑南京站1号线车站为地下二层岛式车站，总建筑面积为12930平方米，车站总长度为282.86米，总宽度为24米，车站顶板覆土平均厚度为1.8米，车站底板平均埋深约为14.99米。南京站3号线车站为地下四层平行双岛车站，未来两条地铁线将在这里实现同站台换乘，3号线轨道在中间，9号线在两侧。车站总建筑面积为47280平方米，车站主体底板埋深最深处约29米，从负一层到负四层分别是站厅层、商业层、换乘层、站台层。这是南京地铁最深的一个站，深达近40米，相当于9层楼的高度，也是江苏最深、全国第三深的车站。[2]

换乘方式编辑3号线换乘1号线：乘坐3号线的乘客下车后，通过电扶梯上楼至站厅，通过站厅中部的换乘通道，至1号线南京站的北站厅，再下楼至1号线南京站的站台乘车。1号线换乘3号线：乘坐1号线的乘客下车后，前往站台北端电扶梯上楼至北站厅，通过北站厅的换乘通道至3号线南京站的站厅，再下楼至3号线南京站的站台乘车。[3]

地铁1号线南京站“美德车站”是继珠江路糖果车站、新街口和谐车站、南京南站博爱车站、鼓楼清风车站后第五个主题车站。“美德车站”于2014年年6月筹建，11月建成，位于地铁南京站的北站厅及出入通道，包含主题墙、核心柱、楷模馆、美德格言、传承美德、践行美德六大板块，运用动态静态展示，一起来听南京故事，感受核心价值观，让更多人了解最美南京人。在地铁南京站的北站厅及出入通道可以看到，在车站的墙壁上、玻璃上、立柱等地方到处体现着“美德”的主题。此外在北站厅主通道区域，有一面长14.5米、高1.8米的巨幅云锦，这幅耗时100天、100人织造完成的巨幅云锦，其内容是明代画家仇英的长卷绘画作品《南都繁会图》。《南都繁会图》生动地描绘了明永乐年间南京秦淮河两岸的盛况，反映了明代南京的城市社会经济和社会生活的繁荣景象，体现了一种勤劳朴实的美德。此外该幅巨型云锦不仅有古代南京风貌，同时也织造了新金陵48景，不乏夫子庙、长江大桥、紫峰大厦等景物，既能体现古代的繁华，也能体现现在南京繁荣昌盛的景象。云锦一般是织龙或凤很少织绘画作品，为此制作者特地到现场进行观摩，这幅云锦描绘了109间不同的店铺和不同的招牌，当中还有1000多个形态各异的人物。